Фамилия Иванютенко образована от имени Иванюта — одной из производных форм канонического имени Иоанн. В переводе с древнееврейского это имя означает «Божия благодать» или «Божья милость». Если разобрать фамилию по составу, то суффикс «-енко» — характерный признак украинской или белорусской ономастики. В этих языках «-енко» выполняет роль отчества: Иванютенко буквально понималось как «сын Иванюты». Такая модель словообразования была особенно распространена среди простых людей, у которых не было наследственной фамилии в современном смысле. Сначала прозвище по отцу закреплялось за детьми, а затем, к концу XVII—XVIII века, становилось родовым именем.

Сама основа «Иванюта» — это ласкательный или уменьшительный вариант имени Иван (Иоанн). Подобные формы с суффиксом «-юта» (например, Михалютка, Гаврилюта) в прошлом встречались в южнорусских и украинских говорах. Имя Иван было одним из самых распространённых на Руси, поэтому и фамилии, образованные от его производных, многочисленны, но каждая из них хранит свою ветвь истории. Иванютенко — не исключение: в ней слышна не только родовая принадлежность, но и живая народная речь, где длинное церковное имя сокращали и переиначивали на свой лад.

Географически фамилия Иванютенко тяготеет к юго-западным землям бывшей Российской империи — современной Украине и прилегающим регионам России. Встречается она и в Беларуси. Сословно носители такой фамилии в основном относились к крестьянству или казачеству: у знати и дворянства были распространены другие модели образования фамилий (на «-ский», «-ов»), а «-енко» оставалось маркером простонародья. В документах XVIII—XIX веков Иванютенко могли записывать как Иванютенков или даже Иванутченко — из-за неразберихи в канцеляриях, где писарь на слух передавал окончание. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохранила свою прозрачную этимологию: каждый Иванютенко — потомок того самого Иванюты, чьё имя напоминает о библейском значении «милости Божьей».