Фамилия Изенекова — редкий пример, когда корень слова почти наверняка ведёт в марийский язык, а не в тюркский или русский, как можно было бы предположить по звучанию. В основе лежит прозвище Изенек, которое, скорее всего, образовано от марийского «изи» — «маленький». Если так, то Изенеком в семье называли младшего ребёнка, самого младшего сына или дочь. Такие прозвища по старшинству были естественны в больших крестьянских семьях, где детей не путали, а обозначали по порядку или возрасту.

Есть и вторая версия, которую тоже стоит учитывать. В марийском языке есть слово «изай» — «старший брат». Звучание близкое, и в разговорной речи «Изенек» вполне могло быть ласкательным или уменьшительным вариантом этого обращения. Если верна эта гипотеза, то прозвище указывало не на младшего, а на старшего родственника. Обе версии сходятся в одном: фамилия родилась из внутрисемейных отношений и указывала на степень родства, а не на ремесло или внешность человека.

Сам суффикс -ек в основе прозвища — типичный для финно-угорских языков уменьшительно-ласкательный формант. Он превращал «маленький» (изи) в «маленький-маленький» или «малышок». А вот фамильный суффикс -ова — уже чисто русский, стандартный для фамилий, образованных от прозвищ или имён. То есть перед нами результат долгого культурного контакта: марийская основа «оделась» в русскую фамильную форму.

Среди однокоренных фамилий можно назвать Изикеев, Изимаров — они тоже восходят к марийским корням с тем же «изи». Но Изенекова стоит особняком: форма на -ек встречается реже, чем на -кей или -мар, что делает фамилию более локальной и, возможно, привязанной к конкретному роду или деревне. Географически такие фамилии чаще всего встречаются на северо-востоке Марий Эл и в соседних районах Кировской области.