Фамилия Изенин — редкий пример, в котором за основу взято имя или прозвище, уходящее корнями в финно-угорские языки Поволжья. Скорее всего, её образовали от имени Изеня. Это имя, в свою очередь, связано с марийским словом «изи» — «маленький». Так могли назвать младшего, позднего ребёнка в семье. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Изенин буквально значит «сын Изени» или «человек из рода Изени».

Но есть и другая версия, не менее правдоподобная. В основе могло лежать прозвище Изеня, связанное с марийским «изай» — «старший брат». В этом случае фамилия указывала не на возраст, а на степень родства или старшинство в общине. Филологически обе версии возможны: марийские «изи» и «изай» звучат близко, а русское ухо могло переделать их в привычную форму на -еня.

Не стоит сбрасывать со счетов и мордовский след. В эрзянском и мокшанском языках есть слово «иза» — «борона», а глагол «иземс» значит «боронить, пахать». Прозвище Изеня мог получить крестьянин, чья работа была связана с пахотой. Так что предки Изениных с равной вероятностью могли быть и младшими сыновьями, и старшими братьями, и просто пахарями.

Встречаемость фамилии редкая, но не нулевая. Например, в Книге памяти Республики Киргизия упомянут Изенин Павел Иванович, родившийся в 1890 году в Самаре. Самара — регион, где веками пересекались русские, марийские и мордовские традиции, так что эта запись хорошо подтверждает поволжское происхождение фамилии.