Фамилия Изендеев — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первого взгляда. В ней нет привычного славянского корня, который сразу подсказал бы прозвище или профессию. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть на суффикс и искать необычную основу.

Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: «чей?» — Изендеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Изендей. Это типичная русская патронимическая модель, но сама основа Изендей явно не славянская. Самое правдоподобное объяснение — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «изен» означает «здоровый», «крепкий», «благополучный» (ср. татарское «исән» — жив, здоров). Окончание -дей могло быть аффиксом, образующим личное имя или прозвище. Таким образом, Изендей — это, скорее всего, «здоровяк», «крепкий человек» или имя-пожелание благополучия.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с географическим названием. В некоторых тюркских языках «изен» может означать «река» или «ручей», и тогда Изендей — человек, живущий у такой реки. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от гидронимов обычно образуются через суффикс -ский (Изенский), а не через -дей.

Фамилия Изендеев редкая. Её география, судя по доступным данным, тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Предки современных Изендеевых, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, принявшими православие и вместе с ним фамилию по отцу. В крестьянской среде XVIII–XIX веков такие фамилии часто закреплялись за целыми семьями, а не за отдельным дворянским родом.

В написании фамилии иногда встречается вариант Изендеев с двойной «е» в конце — это орфографическая ошибка, не меняющая смысла. С ударением тоже нет единого мнения: одни носители ставят его на второй слог (ИзЕндеев), другие — на третий (ИзендЕев). Оба варианта допустимы, хотя этимологически логичнее ударение на корень — Изендей.