Фамилия Изускин — редкая и морфологически прозрачная, но с неожиданной основой. Она образована по стандартной модели русских фамилий: суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — Изуск(а). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Изускин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Изуска.

Корень этой фамилии — не очевидное исконное слово, а скорее всего, искажённое или адаптированное заимствование. Наиболее вероятная версия: в основе лежит греческое имя Иустин (от лат. Justinus — «справедливый»), которое через народное произношение могло превратиться в «Изустин», а затем сократиться до «Изус». В русской среде такое имя могло даваться при крещении, а в быту использоваться в уменьшительной форме Изуска. Тогда Изускин — «сын Изуски». Подобные случаи переработки канонических имён в просторечии хорошо известны: из Иоанна получался Иван, из Иустина — Устин, а в отдельных диалектах — и Изус.

Вторая гипотеза, менее убедительная, связывает фамилию с тюркским корнем «из» (след, память) или «ус» (мастер, умелец), но для такого образования не хватает характерных тюркских суффиксов, а -ин — типично русский патронимический показатель. Поэтому версия с греческим именем выглядит предпочтительнее.

География фамилии Изускин указывает на южнорусские или казачьи регионы, где были сильны греческие и тюркские влияния. Встречается она в документах по Воронежской и Ростовской областям, а также среди старообрядческих общин, которые дольше сохраняли архаичные формы имён. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или казаками, а их предок носил редкое имя Изуска, которое со временем превратилось в родовое прозвище.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её путают с Изюскин (от «изюм»), но это разные корни. Изускин — без «ю» в первом слоге, что подтверждает его происхождение от личного имени, а не от названия продукта.