Фамилия Качушис — редкий для России случай, когда фамилия сохранила литовское окончание -ис. В русском языке такие фамилии обычно русифицировали, добавляя суффиксы -ов или -ин, но Качушис осталась в исходной форме. Это указывает на то, что предки носителя, скорее всего, были литовцами или происходили из регионов, где литовский язык был распространён, например, из бывшего Великого княжества Литовского (современные Литва, Беларусь, часть Польши).

Основа фамилии — литовское слово «kakti» или «kakėti», что означает «пачкать», «марать», или производное от него «kakė» — «грязь». В литовской ономастике фамилии с таким корнем (Качюлис, Качюнас) часто давали человеку, который работал с грязью или жил в неопрятном месте, либо же это было прозвище неряшливого человека. Однако не исключено, что корень восходит к другому значению: в некоторых диалектах «kakti» означало «хватать», «ловить», и тогда фамилия могла принадлежать рыбаку или охотнику. Первая версия — с «грязью» — более распространена в литовских фамилиях, поэтому она правдоподобнее.

Суффикс -ис в литовском языке — типичное окончание мужских фамилий в именительном падеже (сравните: Будрис, Янис). В русском языке такие фамилии не склоняются по падежам, хотя в литовском они бы меняли окончание. Фамилия Качушис — относительно молодая по меркам русских фамилий, так как литовские фамилии в их современной форме начали фиксироваться только в XIX веке после отмены крепостного права.

Носителей фамилии Качушис в России немного, и они сосредоточены в основном в Калининградской области, а также в Москве и Санкт-Петербурге. Встречается она и в Литве, где произносится с ударением на первый слог: Качушис. Русское произношение часто смещает ударение на второй слог, что меняет звучание, но не этимологию.

Таким образом, фамилия Качушис — это прямой маркер литовского происхождения, указывающий на прозвище предка, связанное либо с грязью и нечистотой, либо, менее вероятно, с ловлей. Она не имеет отношения к русским фамилиям на -ов/-ин и сохранилась в первоначальной балтийской форме.