Фамилия Кафоев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа Кафой или Кафа сразу наводит на мысль о географическом названии: Кафа — это средневековое имя города Феодосии в Крыму, известного с XIII века как генуэзская колония. Если предок носителя фамилии был родом оттуда или долго там жил, его могли прозвать Кафой — «тот, кто из Кафы». Такая модель образования прозвищ по месту жительства типична для русских фамилий, особенно на южных окраинах, где контактировали разные народы. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Кафоя» или «из рода Кафоевых».

Но есть и другая, более вероятная версия, связанная с личным именем. В мусульманских культурах (особенно у народов Кавказа и Поволжья) встречается имя Кафу или Кафой, восходящее к арабскому корню «каф» — буква или понятие, связанное с достаточностью, защитой. У осетин, например, имя Кафа известно в дигорском диалекте. Фамилия Кафоев могла возникнуть как русификация осетинской фамилии Къафойтæ или ингушской/чеченской фамилии с похожим звучанием. Суффикс -ев в этом случае — типичный русский патронимический формант, добавленный при адаптации в документах Российской империи.

Словообразовательная модель проста: корень Каф- плюс суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Кафо́ев, хотя в разговорной речи встречается и вариант на первый. Фамилия не имеет вариантов с другими суффиксами (вроде Кафов или Кафин), что говорит о её относительно поздней фиксации — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда шёл массовый учёт населения.

Сословная принадлежность носителей Кафоевых не прослеживается по общим данным: фамилия слишком редкая и локальная. Скорее всего, предки были крестьянами или казаками, возможно, имели тюркские или кавказские корни. Встречается фамилия преимущественно в Северной Осетии и среди осетинской диаспоры, а также в Ставропольском крае и Кабардино-Балкарии. Единичные носители есть в центральной России, но это, вероятно, результат миграций XX века.

Спор между географической и именной версией разрешается в пользу второй: для фамилии Кафоев слишком мала вероятность, что её основа — крымский топоним, так как массового переселения из Крыма в те регионы, где фамилия бытует сейчас, не было. А вот осетинские и вайнахские имена с корнем каф- — явление известное. Поэтому правильнее считать, что Кафоев — это русифицированная фамилия от личного имени Кафа (Кафой), распространённого у народов Кавказа.