Фамилия Кафорин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит начать с суффикса -ин. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я (например, Пушкин от Пушка, Ильин от Илья). Но Кафорин явно не вписывается в эту простую схему: основа «Кафор» не похожа на типичное русское имя или прозвище с конечным гласным. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, возникшей в среде, где смешивались русские и иноязычные традиции.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с греческим словом «кафори» (καφωρί) — так называли корабельный колокол, рынду. В портовых городах, особенно на юге России (Одесса, Таганрог, Севастополь), греческое население было многочисленным. Прозвище Кафор мог получить либо звонарь, либо человек, чья работа была связана с подачей сигналов на судне. Русский суффикс -ин в этом случае «прикрепился» к греческой основе уже на русской почве, превратив прозвище в фамилию. Подтверждением служит и то, что фамилия Кафорин встречается в документах XIX века именно в причерноморских губерниях.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах русского севера бытовало слово «кафора» — так называли старую, негодную вещь или рухлядь. Если это так, то прозвище Кафора могло относиться к человеку небрежному или бедному. Однако эта гипотеза слабее: слово это крайне редкое и локальное, а фамилия Кафорин не имеет выраженной северной привязки. В пользу греческого происхождения говорит и то, что суффикс -ин в фамилиях от иноязычных основ — обычное дело (например, Гагарин от тюркского «гагара»).

Таким образом, с высокой долей вероятности, предок носителя фамилии Кафорин был связан с морем или портовым делом — либо служил матросом, либо работал на берегу, где колокол задавал ритм жизни. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом понимании — скорее, она указывает на городское или посадское происхождение, на среду ремесленников и моряков южных портов.