Фамилия Кагункин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Кагункин образована от прозвища Кагунка. Так называли женщину — жену Кагуна. В свою очередь, прозвище Кагун нередко в старину давали воронежцам, потому что они говорят «каго», «ягo» (род. от «кто», «он»). Однако Кагун э то и украино-белорусский вариант прозвища Коген. В иудаизме коген (коэн) – любой прямой потомок Аарона, брата пророка Моисея, назначенного первосвященником евреев. Когены были священнослужителями, приносившими жертвы. Когены играют большую роль и в современной ритуальной практике иудаизма: в частности, они благословляют народ, им отдают выкуп за первенца, при чтении торы в синагоге первым вызывают когена. При молитве коген должен накрывать свою голову талесом, что символизирует особое Божье покровительство. В этом случае прозвище Кагунка могла получить жена еврейского священника. Таким образом, потомок женщины, обладающей прозвищем Кагунка, со временем получил фамилию Кагункин. О точном месте и времени возникновения фамилии Кагункин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кагункин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.