Фамилия Каисын — одна из тех, что вызывает вопросы уже при первом взгляде: на слух она звучит нерусски, а по написанию не вписывается ни в одну привычную модель. В русском языке у неё нет ни суффикса -ов или -ин, ни окончания -ий. Это прямо указывает на то, что перед нами — не исконно русская фамилия, а записанная на слух иноязычная основа.

Скорее всего, Каисын — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «каис» или «кайсы» может означать «какой», «который», а также встречается в составе сложных имён. Суффикс -ын в тюркских языках часто образует притяжательные формы или уменьшительные имена. Таким образом, «Каисын» могло быть вариантом имени «Каис» с аффиксом принадлежности, то есть «принадлежащий Каису» или «Каисов сын».

Другая версия связывает фамилию с арабским именем Каис (иногда пишется как Кайс), которое означает «мера», «весы» или «твёрдость». В исламской традиции это имя известно, например, по поэту Каису ибн аль-Мулавваху (прообразу Маджнуна). В тюркской среде имя могло видоизмениться, обрасти местными суффиксами и в итоге попасть в русские документы как фамилия Каисын.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, а также к регионам с компактным проживанием татар и башкир. В метрических книгах XIX века такую фамилию могли дать при переписи, когда писарь записывал имя отца по-русски: «Каисын» как «сын Каиса». В отличие от русских фамилий на -ов, которые застывали в форме родительного падежа, тюркские фамилии часто фиксировались в исходной или усечённой форме, что и объясняет необычное окончание.

Встречается и написание «Каиссин» с удвоенной «с», но это уже более поздняя канцелярская ошибка. Основной вариант — Каисын — сохранил прямую связь с исходным личным именем, что делает фамилию почти прозрачной для этимолога, но необычной для русского уха.