Фамилия Кайсин вряд ли связана со Швецией или с Екатериной, хотя версия о шведском женском имени Кайса существует — она наименее правдоподобна, и её стоит отложить сразу. Гораздо убедительнее два других объяснения, и оба ведут на восток.

Основная версия — звуковая адаптация татарского имени Гайса. В русском произношении начальный «г» часто выпадал или заменялся на «к», поэтому Гайса превратился в Кайсу. Само имя восходит к арабскому корню «иса» — так в Коране называют Иисуса, а значение имени трактуется как «милость Божья». Фамилия Кайсин, таким образом, образована по русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «сын Кайсы» или «из рода Кайсы». Это типичный случай, когда тюркское по происхождению имя легло в основу русской фамилии.

Вторая версия — прозвищная, от нарицательного «кайса». В тюркских языках и в русских говорах Поволжья так называют засушенные абрикосы (урюк). Прозвище Кайса мог получить торговец сухофруктами или мастер по их изготовлению. В этом случае фамилия Кайсин — отчество от прозвища, закреплённого за предком по его ремеслу. Обе версии не противоречат друг другу: они просто описывают разные пути, по которым могло возникнуть личное имя или прозвище Кайса, ставшее затем фамилией. Географически фамилия чаще всего встречается в Поволжье и в регионах с татарским населением — это косвенно подтверждает первую, «имянную» версию.