Фамилия Кайсина восходит к имени Кайса – фонетического варианта татарского имени Гайса. Это имя восходит к арабской основе «иса» и переводится как «милость Божья». По другой версии, в основе фамилии лежит нарицательное «кайса». Кайсой называются засушенные абрикосы. Следовательно, прозвище Кайса мог получить человек, изготовляющий сушёные абрикосы или торгующий ими. Согласно наименее правдоподобной версии, фамилия Кайсина ведёт начало от шведского женского имени Кайса, которое представляет собой уменьшительную форму имени Екатерина. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кайсиных можно лишь на основании генеалогических исследований.