Фамилия Кайсина — женская форма, образованная через суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «дочь или жена человека по имени Кайса». Сама основа неоднозначна, и у лингвистов есть три версии её происхождения, разной степени достоверности.

Самая убедительная гипотеза связывает Кайсу с татарским именем Гайса — фонетическим вариантом арабского Иса (Иисус в исламской традиции). Имя Гайса, а вслед за ним и Кайса, восходит к арабскому корню со значением «милость Божья». Это объясняет широкое бытование фамилии в регионах с татарским и башкирским населением — в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири. Именно там фамилия Кайсина встречается чаще всего.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная, отталкивается от нарицательного «кайса» — так в тюркских и кавказских языках называют сушёные абрикосы. В этом случае прозвище Кайса давали человеку, который либо сам сушил абрикосы, либо торговал ими. Такие «профессиональные» прозвища в прошлом легко закреплялись за целым родом.

Третья версия — самая спорная и наименее правдоподобная. Она выводит Кайсу из шведского уменьшительного имени Кайса (от Екатерина). Эта гипотеза слаба по двум причинам: во-первых, фамилия Кайсина практически не встречается в северо-западных регионах России, где было бы логично ожидать скандинавское влияние; во-вторых, русская модель фамилий на -ин обычно образуется от славянских или тюркских основ, а не от западноевропейских имён.

Таким образом, наиболее вероятно, что предки носительниц фамилии Кайсина — люди, носившие имя или прозвище Кайса. Точное место и время возникновения рода можно установить только через конкретные генеалогические изыскания, но ареал фамилии подсказывает: искать корни стоит в регионах, где веками соседствовали русская и тюркская культуры.