Фамилия Калафёрова — женская форма, а её мужской вариант — Калафёров. В основе лежит прозвище или профессиональное именование Калафёр. Это слово — не русское, а заимствованное, и его происхождение ведёт нас к греческому «калафатис» — корабельный конопатчик. На Русь термин попал, скорее всего, через южные и причерноморские говоры, где работа с судами была привычным делом. Конопатчик забивал паклю в щели между досками, делая корпус непроницаемым для воды. Соответственно, Калафёром могли прозвать мастера-судостроителя или человека, чинившего лодки.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединился к основе на твёрдый согласный, указывая на принадлежность («чей?» — «сын Калафёра»). Ударение падает на последний слог — Калафёров, что характерно для фамилий, образованных от слов с таким же ударением в исходной форме. Буква «ё» в корне не случайна: она сохраняет произношение, отличая фамилию от возможного варианта «Калаферов» (с безударным «е»), который писался бы иначе.

Встречается фамилия редко, что говорит о её узкопрофессиональном или локальном происхождении. Носители могли быть сосредоточены в местах традиционного судостроения — на Дону, Волге, в Приазовье или на Черноморском побережье. Других версий, например, от тюркского корня, нет: слово «калаф» в тюркских языках означает «форма» или «колодка», но суффикс -ёр здесь необъясним, а греческая этимология надёжнее и подтверждается историей ремёсел.