Фамилия Калакука — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти наверняка звучало как насмешливое или ироничное. Скорее всего, перед нами сложное слово, образованное от двух основ: «кала» и «кука». Первая часть, «кала», в южнорусских и украинских говорах могла означать «грязь», «нечистоты» или же восходить к тюркскому «кала» — «крепость», «город». Вторая часть, «кука», в русских диалектах имеет несколько значений: «кулак», «крюк», «скупой человек» или даже «нечистая сила» (от слова «кука» — бес, чёрт). Наиболее правдоподобной выглядит версия, что прозвище Калакука дали человеку сварливому, вздорному или тому, кто «грязно» (то есть нечестно) «кукишил» — сжимал руку в кулак, возможно, скупясь на угощение или помощь. Встречаются и более прозаичные варианты: так могли прозвать мастера, делавшего калачи или калачные формы, если он был невысокого роста («кука» — уменьшительное от «кукла», «маленький»).

Суффикса в привычном понимании у фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища без окончания, что для русских фамилий нетипично и говорит о её относительно позднем закреплении или о том, что её носители происходят из среды, где фамилии долго не оформлялись стандартными суффиксами (-ов, -ин). В документах фамилия почти не встречается, что неудивительно: она крайне редкая и, по всей видимости, локальная. Можно предположить, что её географический центр — южные области России или Украина, где диалектная лексика давала такие необычные сращения.

Сравнение с однокоренными фамилиями ничего не даёт: Калач, Калашников, Кукин — все они образованы по разным моделям и от разных основ. Калакука стоит особняком, и это как раз тот случай, когда фамилия — прямое, неотшлифованное прозвище, которое предок получил за характер или занятие.