Фамилия Калдыкова — женская форма, мужской вариант — Калдыков. В основе фамилии лежит слово или прозвище, которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное объяснение ведёт к тюркскому корню «калды» — «остался». В татарском, башкирском, казахском языках «калдык» означает «остаток», «излишек». Прозвище Калдык могли дать младшему, позднему ребёнку в семье (как «последыш» или «остался после всех»), либо человеку, который чем-то выделялся — например, был лишним, оставшимся. В ономастике это устойчивая модель: фамилии Калдыков, Калдыбаев, Калдыгулов встречаются у тюркоязычных народов, откуда они перешли и в русскую среду через смешанные браки или крещение.

Формант -ов указывает на русскую патронимическую модель: Калдыков — сын Калдыка. Это типично для фамилий, возникших в XVI–XVII веках на территориях, где русское население соседствовало с тюркским: Поволжье, Урал, Сибирь. География фамилии сегодня подтверждает это: Калдыковы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.

Есть и другая, менее распространённая версия: от диалектного глагола «калдыкать» — говорить невнятно, картавить или заикаться. В таком случае прозвище Калдык получал человек с дефектом речи. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол редкий и локальный, а тюркское происхождение подтверждается целым кустом однокоренных фамилий.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию писали через «о» — Колдыков. Это могло быть следствием акающего произношения или ошибки писаря. Но основной вариант с «а» закрепился в официальных записях.

Таким образом, предки современных Калдыковых — скорее всего, выходцы из тюркской среды, получившие прозвище по семейному положению (младший сын) или по особенности, связанной с «остатком». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для поздних патронимов из окраинных регионов России.