Фамилия Калдыкин образована от прозвища Калдыка, а то, в свою очередь, от тюркского слова «калдык» — остаток, излишек, то, что осталось после чего-то. В русских говорах слово закрепилось в значении «последний ребенок в семье», «запоздалый», а также иногда «младший сын» или даже «ребенок, родившийся, когда старшие дети уже выросли». Скорее всего, прозвище давали младшему, позднему ребенку, которого не ждали или который родился «на остаток» жизни родителей.

Модель фамилии простая и распространенная: основа Калдык- плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калдыкин — сын Калдыки. Такая форма характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а, -я, или на твердый согласный, но в случае с Калдыка (основа на -а) суффикс -ин закономерен. Это типичная модель русских фамилий, особенно в северных и центральных регионах, где -ин встречается чаще, чем -ов.

Региональная привязка у фамилии есть: Калдыкины встречаются в Поволжье, особенно в бывшей Самарской и Симбирской губерниях, а также в Приуралье. Это совпадает с зоной активного тюркско-русского языкового контакта, где тюркские прозвища легко входили в русскую обиходную речь. Встречается и вариант Калдыков — с суффиксом -ов, но Калдыкин в документах и переписях фиксируется чаще.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии относились к крестьянскому сословию, реже — к мещанскому. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Калдыкины записаны как государственные крестьяне или казаки (в Оренбургском казачьем войске). Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет, что подтверждает её народное, «уличное» происхождение.

Спорных версий немного: изредка фамилию пытаются связать с диалектным «калдык» — кадык, горло, но это менее вероятно, так как прозвище по части тела давали реже, чем по порядку рождения, и в говорах такое значение не было основным. Также встречается гипотеза о связи с тюркским «калды» — остался, выжил, что по сути то же самое, только в глагольной форме. Самый надежный вариант — прозвище младшего ребенка.