Фамилия Калгатникова — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Её ядро — слово «калгат» или «калгата», которое в русских говорах имело конкретное, бытовое значение. В словарях русских народных говоров «калгата» — это сварливый, вздорный человек, склочник. Соответственно, прозвище Калгата давали тому, кто постоянно затевал ссоры, спорил по пустякам или отличался тяжёлым нравом. От этого прозвища через суффикс -ник- (указывающий на лицо, наделённое признаком) образовалась основа Калгатник — «тот, кто калгатится, скандалит», а затем по стандартной патронимической модели появилась фамилия Калгатников.

Фамилия Калгатникова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Калгатниковых. По суффиксу -ов- она относится к самому распространённому типу русских фамилий (около 60% всех русских фамилий), что говорит о её позднем закреплении, скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу.

Интересна и фонетическая версия: в некоторых диалектах «калгат» могли произносить как «колгот», отсюда же глагол «колготиться» — суетиться, беспокоиться, ссориться. В этом случае фамилия Калгатникова — вариант фамилии Колготникова, закрепившийся в произношении на «а». Такое чередование (о/а) типично для акающих говоров южнорусских областей, где фамилию могли записать со слуха именно как Калгатников.

Таким образом, предок носительницы фамилии — человек с прозвищем Калгата, то есть либо неуживчивый, либо суетливый и хлопотливый. Прямых указаний на сословную принадлежность нет, но суффикс -ник- в основе чаще встречается в крестьянской и мещанской среде, чем в дворянской. Фамилия не имеет отношения к тюркским или иным заимствованиям — это чисто русское диалектное образование, которое сегодня звучит архаично и редко.