Фамилия Калгатин — редкий случай, когда корень не лежит на поверхности и не связан с очевидными ремёслами или профессиями. Её основа — слово «калга» или «калган», и здесь у исследователей есть поле для обсуждения.

Наиболее вероятная версия отсылает к слову «калган» — так в русских говорах называли дикий корень, он же лапчатка прямостоячая. Растение ценилось как лекарственное, его собирали, сушили, продавали. Прозвище Калган могли дать травнику, знахарю или просто человеку, который промышлял сбором этого корня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калгатин — сын Калгана, то есть потомок того самого травника.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским словом «калга» (остаток, излишек). В диалектах южных областей это слово могло означать что-то лишнее, ненужное, и прозвище Калга получал, скажем, младший сын в семье, которому не досталось наследства. Однако эта гипотеза слабее: тюркские заимствования в фамилиях чаще встречаются в Поволжье и на юге, а фамилия Калгатин больше тяготеет к северным и центральным губерниям России.

Словообразовательная модель простая: основа «калгат-» (от «калга» с наращением -т-) плюс суффикс -ин. Подобные фамилии — Калганов, Калгин — того же корня, но Калгатин стоит особняком из-за редкого суффиксального оформления. Встречается фамилия преимущественно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, что косвенно подтверждает «северный» след растения калган.

Сословной принадлежности предков Калгатиных по фамилии не определить: она могла возникнуть и у крестьянина, и у посадского человека. В списках XVII–XVIII веков такая фамилия не фиксируется как дворянская, так что, скорее всего, это фамилия крестьянского или мещанского корня. Носителей с известной исторической биографией нет, и это нормально — большинство русских фамилий именно такие, бытовые, без громких имён.