Фамилия Калган — редкий случай, когда основа слова почти не требует расшифровки, но зато даёт простор для исторической географии. В русском языке «калган» — это прежде всего пряное растение, родственник имбиря, известный в Европе как galanga. Но вряд ли предка прозвали за любовь к специям: скорее всего, прозвище Калган дали человеку с каким-то характерным признаком, который напоминал это растение (например, рыжий цвет волос, жгучий нрав) или же человек торговал кореньями.

Слово пришло в русский из тюркских языков. В тюркской среде «калган» имеет и другое, совершенно некулинарное значение: «оставшийся», «последний» (от глагола «калмак» — оставаться). У башкир, татар и казахов это слово могло стать личным именем или прозвищем для младшего, запоздалого сына, «оставшегося» после других детей. Поэтому фамилия Калган может быть не только русской, но и тюркской по происхождению — от прозвища, данного по порядку рождения.

Фамилия образована без суффикса, путём застывания прозвища в форме чистой основы. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии на согласную (Калган, Гончар, Коваль) встречаются чаще, чем в северных областях. В северной и центральной России её, скорее всего, «обрусили» бы суффиксом -ов, получив Калганов.

Географически фамилия встречается в основном на юге России, в Поволжье и в среде оренбургских и уральских казаков, где тюркское влияние было сильным. Встречается она и у башкир, и у татар, но там она обычно не склоняется и пишется так же. Таким образом, носитель фамилии Калган с высокой вероятностью происходит либо из казачьей среды, либо из тюркоязычных народов, а его предок мог быть либо пряным торговцем, либо «последышем» в семье.