Фамилия Калганков — это отчество второго порядка, то есть «внук Калгана». Сначала существовало прозвище Калган, от него образовали имя Калганко (уменьшительно-ласкательная форма, распространенная в русской народной традиции), а уже затем — фамилию Калганков. Такая модель (основа + суффикс -к- + фамильный суффикс -ов) характерна для северных и центральных областей России, где часто образовывали полуотчества.

Само прозвище Калган многозначно. Самая распространенная версия — его давали капризному, своенравному человеку. Однако в тверских, рязанских и тамбовских говорах «калган» означал простую деревянную чашку, грубо вытесанную топором: ковш, ведро или телячью кормушку. В таком случае прозвище могло закрепиться за мастером-древоделом, который делал хозяйственную утварь.

Есть и третья, менее очевидная версия — связь с растением калган (лапчатка прямостоячая). Его пряные корни широко использовали в пищу, а в некоторых областях из них делали калганную водку и калганные пряники. Возможно, предок был травником, знахарем или просто любителем блюд с этой приправой. Из трех гипотез наиболее правдоподобной выглядит вторая — ремесленная: прозвища по профессии или предмету быта встречаются в русских фамилиях чаще, чем прозвища по характеру, и дают более устойчивую основу для наследственной фамилии.