Фамилия Калгунов — редкий случай, когда прозвищная основа, скорее всего, не имеет прямого отношения к русскому языку. В отличие от массы фамилий на -ов, образованных от понятных славянских корней (кузнец, плотник, заяц), здесь мы имеем дело с заимствованием из тюркских языков.

В основе фамилии лежит слово «калган» (или «калгун»). В тюркских диалектах это многозначное понятие: «оставшийся», «последний», «холостой», а также «упрямец» или «буян». Встречается и значение «остаток, сдача». Прозвище Калган могли дать младшему сыну в семье (который «остался» при родителях) или, напротив, человеку с тяжелым, неуживчивым характером. Версия с «холостяком» тоже правдоподобна: в крестьянской среде взрослый неженатый мужчина выделялся и получал меткое прозвище.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: Калгун → Калгунов, то есть «сын Калгуна» или «принадлежащий Калгуну». Фамилия закрепилась в северных и южнорусских областях, где исторически были сильны тюркские влияния, а также у донских казаков. Встречается вариант Калганов — с более прозрачной основой «калган», но Калгунов демонстрирует специфическую огласовку, которая могла возникнуть в диалектной среде.

Интересно, что фамилия не связана с растением калган (лапчатка) — это народная этимология. Корень здесь именно прозвищный, социальный, а не ботанический. В дореволюционных переписях Калгуновы фиксируются как крестьяне и мещане, без привязки к дворянству. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, разошедшихся по России в XIX–XX веках.