Фамилия Калиханова — женская форма фамилии Калиханов, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. Основой послужило имя или прозвище Калихан, которое состоит из двух частей: «Кали» и «хан». Первый элемент, скорее всего, восходит к арабскому имени Кали (Гали) — вариант имени Али, означающего «высокий», «возвышенный» или «великий». В тюркской среде это имя получило широкое распространение, часто в формах Гали, Кали, Галли.

Вторая часть — «хан» — классический тюркский титул, обозначающий правителя, повелителя, вождя племени. В составе личных имён он служил не столько указанием на реальную власть, сколько пожеланием величия, благородства, либо указывал на принадлежность к знатному роду. Таким образом, имя Калихан можно перевести как «великий хан» или «возвышенный правитель».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов-, который присоединяется к тюркским основам на согласный: Калихан → Калиханов. Это типичный способ адаптации восточных имён в русской ономастике, особенно среди народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, где фамилии на -ов/-ев стали массово фиксироваться в XIX–XX веках.

Географически фамилия Калиханов (и Калиханова) чаще всего встречается у татар, башкир, казахов, а также у народов Северного Кавказа — например, у кумыков или чеченцев. В русском контексте она редкая и почти всегда указывает на тюркские или мусульманские корни предков. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до мелких князей или старшин, но по одной только фамилии определить её невозможно — Калиханом могли назвать и сына сельского старейшины, и простого человека, которому родители дали имя с пожеланием удачи.