Фамилия Калонка — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не славянская, а польская или белорусская, с характерным суффиксом -ка, который в этих языках часто указывает на уменьшительную форму или на происхождение от прозвища. Основа «калон» может восходить к польскому kałon (от kał — «кал, нечистоты») или к диалектному kałon — «грязь, слякоть». В таком случае прозвище Калонка давали человеку неопрятному, неряшливому, работающему с грязью, либо живущему в болотистой местности. Однако возможна и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Калонка (например, деревни в Польше или на западе Беларуси), и тогда она указывает на выходца оттуда.

Суффикс -ка в польских фамилиях (как и в белорусских) нередко встречается у крестьян или мещан, особенно в XVI–XVIII веках, когда фамилии закреплялись по прозвищам. В русской среде такая форма нетипична — чаще встречаются фамилии на -ов/-ев, -ин, поэтому Калонка могла попасть в Россию с переселенцами из западных губерний или с еврейскими корнями (в идише kalon означает «позор», но это скорее случайное совпадение). Географически фамилия редка и сегодня, её носители встречаются в основном в Польше, на Украине и в Беларуси, а в России — единичные записи.

Поскольку фамилия не входит в массовые списки, сословная принадлежность предков остаётся неясной. Но если отталкиваться от модели, то это, вероятно, крестьянское или мещанское прозвище, закреплённое в документах. Точной даты возникновения нет, но, судя по суффиксу, фамилия могла оформиться не позднее XVIII века. Иных версий — например, от тюркского или прибалтийского корня — нет, этимология прозрачна и лежит в славянской лексике.