Фамилия Кальсин образована по простой и распространённой модели: к основе — прозвищу Кальс — добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» и означали «сын Кальса» или «человек из семьи Кальса».

Само прозвище Кальс, скорее всего, восходит к греческому слову «кальс» — известь. В русских говорах это слово тоже прижилось: кальсой называли обожжённую известь, а также известковый раствор. Прозвище могли дать по двум причинам. Первая — внешность: бледный, белокожий человек, словно выбеленный известью. Вторая — занятие: мастер, работающий с известью, будь то строитель, штукатур или тот, кто её обжигал и гасил.

Известь как строительный материал известна с глубокой древности — её применяли ещё при возведении храмов во времена Моисея, смешивая с песком для штукатурки стен и потолков. На Руси известковые растворы использовали при кладке и побелке, так что ремесло было распространённым. Поэтому прозвище Кальс могло закрепиться за человеком, который профессионально работал с этим материалом.

Фамилия Кальсин — сравнительно редкая. Её географическое ядро, судя по доступным данным, тяготеет к Поволжью и некоторым областям Центральной России. Встречаются варианты написания с одной «с» — Кальсин, хотя греческая основа даёт двойную «с» (кальс). Русская адаптация упростила написание, подчинив его привычному звучанию.

Другие версии происхождения, например от тюркских или финно-угорских корней, выглядят менее убедительными: греческое «кальс» объясняет и форму, и смысл прозвища без натяжек. Связь с конкретным ремеслом или внешностью — самый прямой путь к тому, почему предок носителя фамилии получил своё прозвище.