Фамилия Калужников образована от прозвища Калужник, а не напрямую от названия города Калуга, хотя связь тут есть. Калужником в центральных и южных губерниях России называли жителя или выходца из Калуги. Однако, в отличие от фамилии Калугин, где суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Калугин сын), модель Калужников сложнее. Суффикс -ник в основе указывает на человека по месту жительства или роду занятий: калужник — «тот, кто из Калуги». А суффикс -ов добавился при оформлении фамилии, типично для фамилий на -ников, -щиков, -чиков.

В словообразовательном плане фамилия Калужников стоит в одном ряду с Тверитинов, Рязанцев, Москвитинов, но с той разницей, что в ней основа не на -ец, а на -ник. Это могло возникнуть из-за диалектного произношения: в некоторых говорах «калужанин» звучало как «калужник». Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике: прозвище Калужник могло относиться к человеку, который торговал калужским товаром или имел дело с калужанами, например, был ямщиком на калужском тракте.

Фамилия довольно редкая по сравнению с Калугин или Калужанинов. Встречается в центральных областях России, особенно в Тульской и Рязанской, что логично — эти земли граничили с Калужской губернией, и переселенцев оттуда называли калужниками. По сословной принадлежности носители фамилии относились в основном к крестьянам и мещанам, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.