Фамилия Калыгына — редкий случай, когда географический акцент почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа, слово «калыга», в русских говорах не встречается, зато хорошо известна в тюркских языках. Скорее всего, перед нами фамилия, корни которой ведут в Поволжье, на Урал или в Сибирь, где русское население веками соседствовало с татарами, башкирами, казахами.

Самая прямая версия связывает «калыгу» с казахским или татарским словом «калык» (народ, люди) или «калга» (остаток, то, что осталось). Прозвище Калыга могли дать младшему, запоздалому ребёнку — «последышу», либо, наоборот, человеку, который оставался на месте, когда другие уходили. В тюркской среде «калга» могло означать и «оставленный в наследство», что тоже могло стать личным именем.

Суффикс «-ын» в окончании «-ына» указывает на притяжательную форму: «Калыгына» — буквально «чей?» — «принадлежащая Калыге». В русской ономастике модель на «-ын» обычно образует фамилии от основ на «-а» (Кузьмин, Ильин), но здесь суффикс прирос к тюркскому корню, и фамилия сохранила исходное ударение на второй слог: Калыгына́.

Менее вероятно, но допустимо, что «калыга» — это искажённое «колыга» (от «колоть», «колода»). В некоторых северных говорах «колыгой» называли неуклюжего, тяжёлого на подъём человека. Однако фонетический переход «о» в «а» под ударением в русском языке нетипичен, поэтому эта версия слабее.

Фамилия Калыгына встречается крайне редко, в основном в Оренбургской области и Башкортостане. Носительницы этой фамилии — почти всегда женщины, так как окончание «-а» указывает на женский род. Мужской вариант фамилии — Калыгин, но он тоже редок. В дореволюционных метриках эта фамилия могла записываться как Калыгина или Калыкина, в зависимости от грамотности писаря.

Таким образом, Калыгына — это фамилия с явным тюркским следом, скорее всего, прозвищного происхождения. Предки её носительницы могли быть крещёными татарами или башкирами, либо русскими, жившими в тюркоязычном окружении и получившими прозвище от соседей.