Фамилия Канапиев — редкий пример антропонимики, где основа, скорее всего, восходит к арабскому или тюркскому имени, а суффикс — к русской патронимической модели. Если отбросить привычные -ов и -ев, мы видим формант -иев, который обычно указывает на происхождение от имени с конечным -ий или -ия (ср. Григорий — Григорьев, но в тюркской адаптации встречается вариант Канапиев). Однако в данном случае основа Канапий — это не обязательно христианское имя.

Самая вероятная версия: фамилия образована от мужского имени Канапия (или Канапи), распространённого у казахов и других тюркоязычных народов. Имя восходит к арабскому «канафа» — «защита, покровительство» или к варианту «Кәнапия», который в исламской традиции может толковаться как «скрытый», «тайный» (от арабского «кинайа» — иносказание). В казахском ономастиконе имя Канапия встречается нечасто, но устойчиво, особенно в западных регионах Казахстана. Соответственно, Канапиев — «сын (или потомок) Канапии».

Менее убедительная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «канап» — так в некоторых тюркских говорах называли коноплю (ср. татарское «киндер»). Но основа Канапи- с суффиксом -иев в таком случае звучит искусственно: от названия растения обычно образовывали фамилию через -ов (Канапов). Поэтому имя собственное остаётся главным объяснением.

Географически фамилия Канапиев тяготеет к Казахстану и пограничным регионам России (Астраханская область, Оренбуржье). В дореволюционных документах она почти не встречается — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, вероятно, в начале XX века при массовой паспортизации. Носители могли быть выходцами из степных родов, где имя Канапия передавалось по мужской линии.

Есть ещё одна деталь: в русском языке фамилия Канапиев могла возникнуть как русифицированная форма казахской фамилии Канапиев, которая в оригинале пишется через «ә» (Кәнапиев). При записи в советских документах «ә» заменяли на «а», что и закрепило написание. Таким образом, фамилия несёт следы межъязыкового перехода: арабский корень — тюркское имя — русский суффикс.