Фамилия Канайбекова — женская форма фамилии Канайбеков. Её основа, скорее всего, восходит к мужскому имени Канайбек, которое сложено из двух частей. Первая часть — «Канай» — может быть вариантом имени Канай, которое в тюркских языках (особенно в казахском) означает «единственный», «родной» или происходит от слова «хан» (властитель). Вторая часть — «бек» — традиционный тюркский титул, означающий «князь», «господин», «правитель». Таким образом, имя Канайбек можно перевести как «единственный господин» или «князь-хан», что подчеркивало знатность или пожелание высокого статуса для ребёнка.

Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ов, который в XIX-XX веках активно присоединялся к тюркским именам при документальном оформлении. Это типично для народов Северного Кавказа, Средней Азии и Поволжья, где русская администрация фиксировала патронимы (отчества) как фамилии. Окончание -а указывает на принадлежность женщине, то есть Канайбекова — дочь или жена Канайбека.

Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане и в казахских диаспорах. В России она редка, но может быть зафиксирована у казахов или у представителей тюркоязычных народов, например, у киргизов или ногайцев. Написание с буквой «ё» (Канайбёкова) встречается в единичных случаях из-за необязательности употребления «ё» в документах.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия с тюркским составным именем — самая прямая и правдоподобная. Альтернативные гипотезы, связывающие «Канай» с арабским «кана» (быть) или монгольским «хана» (стена), лингвистически слабы, так как не учитывают типичную для региона модель «имя + титул». Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми, чей отец или дед носил имя Канайбек, что могло указывать на принадлежность к местной знати или на то, что имя дали с пожеланием власти и достатка.