Фамилия Канайбеков — явный случай, когда географический и этнический контекст важнее морфологического разбора. Она почти наверняка тюркского происхождения, и её носители — выходцы из Средней Азии, скорее всего, казахи или киргизы. Основа «Канайбек» — это сложное имя, состоящее из двух частей: «Канай» и «бек». «Бек» (или «бий») — распространённый тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». В составе личных имён он указывал на знатность, благородство или просто был пожеланием высокого статуса для ребёнка. Первая часть, «Канай», более спорная. Скорее всего, это вариант имени «Канай» (от «кан» — «кровь», «родня» или «хан»), либо диалектная форма имени «Канабек», где «кана» означает «старшая сестра» или «мать» в некоторых тюркских языках. В любом случае, полное имя «Канайбек» — это пожелание, чтобы мальчик вырос «господином» или «вождём» своего рода.

Суффикс «-ов» в фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи или СССР. Это говорит о том, что фамилия прошла через процедуру русификации: тюркское имя «Канайбек» получило русское окончание, чтобы вписаться в систему фамилий по отчеству. Поэтому Канайбеков буквально означает «сын Канайбека». Такая модель характерна для многих фамилий казахского, киргизского и татарского происхождения, которые фиксировали в метриках и паспортах в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс «-ов» присоединяется к основе на согласную, здесь основа оканчивается на «к», что не редкость для тюркских заимствований. Фамилия не имеет отношения к русским корням «канай» (в значении «каналья») или «канава» — это ложная этимология. Единственная правдоподобная версия — тюркская, с ударением на последний слог: Канайбе́ков.

Сословно предки Канайбековых, скорее всего, относились к кочевой или полукочевой знати (если «бек» в имени был не просто пожеланием, а реальным титулом), либо к зажиточным крестьянам-скотоводам. В документах XIX века такие фамилии часто встречались у казахов, перешедших на оседлость и получивших фамилии по имени отца. Сегодня Канайбековы — нередкая фамилия в Казахстане, Киргизии, а также среди диаспоры в России.