Фамилия Кандонин — редкая и морфологически прозрачная. Она образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кандони. Основа здесь — личное именование или прозвище Кандоня. В русской антропонимии суффикс -оня (-аня) часто служил для создания обиходных, уменьшительных или пренебрежительных форм от крестильных имён (например, Сидор — Сидоня, Афанасий — Афоня). Соответственно, Кандоня могло быть производным от канонического имени Кандид (от лат. candidus — «белый, блестящий, чистосердечный»), которое встречалось у православных святых, но никогда не было массовым. Цепочка выглядит так: Кандид → Кандоня → Кандонин.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с топонимом. В Поволжье есть несколько небольших рек и населённых пунктов с корнем «канд-» (например, река Канда в Татарстане). В таком случае Кандониным могли прозвать выходца из местности, которую в народе называли Кандоня. Однако отсутствие широкой географии фамилии и её явно уменьшительная форма склоняют к первой гипотезе.

Интересно, что фамилия Кандонин почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал — северные регионы (Архангельская, Вологодская области) и Урал. Это объяснимо: суффикс -ин характерен для севернорусской ономастики, где фамилии часто образовывались от уличных прозвищ и домашних имён. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: в дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Спорный момент — ударение. Если исходное имя Кандид, то логично ударение на второй слог: Кандо́нин. Если же корень связан с тюркским «кан» (кровь) или гидронимом, то возможно ударение на первый слог: Ка́ндонин. В современном бытовании фамилия чаще произносится с ударением на второй слог — по аналогии с другими фамилиями на -онин.