Фамилия Кардонин — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок, и главная из них — происхождение основы. На первый взгляд она кажется простой: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кардонин сын), а значит, в основе лежит личное имя или прозвище Кардоня. Но что такое «кардоня»? Ответ неочевиден, и это делает фамилию интересной.

Наиболее вероятная версия связывает её с профессией или ремеслом. В русских говорах «кардон» или «карда» — это щётка для чесания шерсти, а «кардонить» — чесать, разбивать волокно. Соответственно, Кардоней в крестьянской среде могли прозвать человека, который занимался этим делом: чесальщика шерсти, валяльщика или мастера по изготовлению кард (специальных щёток). Слово происходит от итальянского cardo (чертополох, ворсовальная шишка), которым в старину начёсывали сукно, и пришло в Россию вместе с ремеслом. Таким образом, предок современного носителя фамилии был, скорее всего, мастеровым, связанным с обработкой шерсти или текстилем.

Вторая, менее распространённая версия, — топонимическая. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Кардонино или Кардоново. Такие топонимы встречаются в центральной России, хотя и редко. В этом случае основа — не ремесло, а географическое название, которое само могло произойти от прозвища первопоселенца.

Словообразовательная модель фамилии классическая: прозвище на -я (Кардоня) плюс притяжательный суффикс -ин. Такие фамилии типичны для севера и северо-востока Руси, где -ин преобладал над -ов. Если опираться на «Словарь русских фамилий» Б. Унбегауна, это стандартная патронимическая или матронимическая модель, но в данном случае — скорее «антропонимическая» от прозвища по занятию.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях, где жили мастера-кардонщики, и закрепилась за их потомками. В дореволюционных источниках Кардонины могли числиться среди государственных или помещичьих крестьян, но точных данных о сословной принадлежности без генеалогического поиска по конкретному региону нет.