Фамилия Кандыбка — украинского происхождения. Её основа — прозвище, которое, скорее всего, дали по внешним или физическим признакам человека. Самая убедительная версия связывает прозвище со словом «кандиба» — так на Украине называли слабую, заезженную лошадёнку, клячу. Кандыбкой могли прозвать либо владельца такой лошади, либо самого хилого, немощного человека.

Есть и вторая, не менее правдоподобная гипотеза. Она отталкивается от просторечного глагола «кандыбать» — «прихрамывать, ковылять, идти медленно». В этом случае прозвище Кандыбка закреплялось за хромым или просто неторопливым, медлительным человеком. Обе версии сходятся в одном: прозвище описывало нечто слабое, нерасторопное или повреждённое.

Сама фамилия образована по продуктивной для украинской ономастики модели с суффиксом -к(а). Этот суффикс часто превращает прозвище в фамилию, придавая ей оттенок уменьшительности или принадлежности: Кандыбка буквально означает «тот, кто связан с Кандыбой» или «маленький хромой». Фамилии на -ка (Кузьменко, Головка, Стецько) характерны для центральных и восточных областей Украины, что сужает возможный ареал возникновения Кандыбки.

В отличие от множества русских фамилий на -ов/-ев, Кандыбка не склонялась по падежам как притяжательное прилагательное, а оставалась в форме именительного падежа. Это типично для украинской традиции фамилиеобразования, где прозвище часто становилось фамилией без дополнительных суффиксов. В русской среде такую фамилию могли русифицировать, добавив окончание -ов, но исходная форма Кандыбка сохранилась и встречается по сей день.