Фамилия Канепайс происходит от латышского слова kaņepājs, то есть «конопляник». Так называли участок земли, засаженный коноплёй. Скорее всего, прозвище, а затем и фамилию получил человек, живший рядом с таким полем или возделывавший его.

Конопля была важным техническим растением в хозяйстве. Из неё изготавливали пеньку — грубое прядильное волокно, которое шло на канаты, верёвки и холстину. Поэтому предок носителя фамилии мог быть не просто земледельцем, а человеком, связанным с заготовкой и первичной обработкой конопли.

Фамилия образована по типичной для латышского языка модели: к основе kaņep- добавлен суффикс -āj- (в русской передаче -ай-), обозначающий место или занятие. Окончание -s — стандартное латышское мужское окончание именительного падежа. В русском языке фамилия закрепилась без изменений, что указывает на её позднее вхождение в русскоязычную среду, скорее всего, в XIX–XX веках.

Географически фамилия Канепайс почти наверняка связана с территорией Латвии, особенно с восточными регионами — Латгалией или Земгалием, где латышские фамилии такого типа особенно распространены. Встречается она и среди латышских переселенцев в других странах, но сохраняет чёткую привязку к балтийскому ареалу.

Словообразовательная модель с суффиксом -ājs (рус. -айс) характерна для латышских фамилий, обозначающих род занятий или место: например, Kalējs — кузнец, Siliņš — сосняк. Канепайс стоит в этом же ряду, только его основа — не ремесло, а конкретный участок земли. Это редкий случай, когда фамилия прямо называет не человека, а место его проживания, становясь, по сути, топонимическим прозвищем.

В дореволюционной России латышские крестьяне часто получали фамилии по месту жительства или по роду занятий, и Канепайс — один из таких примеров. Дворянского происхождения у этой фамилии нет: она указывает на крестьянские или ремесленные корни.

Спорных версий у фамилии нет: латышская этимология прозрачна и не вызывает разночтений. Попытки связать её с другими языками (например, с немецким Hanf — конопля) излишни, так как латышское kaņepājs — исконное слово с той же индоевропейской основой.