Фамилия Канидина — женская форма, а её мужской вариант — Канидин. Это типичная «фамилия-отчество»: она образована от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность («чей сын?» — Канидин). Основа здесь — Канида. Что стоит за этим словом — вопрос, на который нет однозначного ответа, и это как раз тот случай, когда у фамилии может быть несколько корней.

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Кандид (от латинского candidus — «белый, чистый, искренний»). В просторечии имя могли произносить как «Канид», а уменьшительная форма — Канида. Такое имя было редким, но встречалось в среде духовенства и образованных горожан. Если это так, то предок носителя фамилии был человеком, которого нарекли в честь святого Кандида — одного из раннехристианских мучеников.

Вторая, более бытовая гипотеза — прозвище Канида от глагола «канить» (тянуть, мешкать, канителиться). В северных и сибирских говорах «канида» могли назвать медлительного, нерасторопного человека. Эта версия правдоподобна тем, что фамилия Канидин географически привязана к Русскому Северу и Уралу — в переписях XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались в Вятской и Пермской губерниях. Здесь же встречаются однокоренные фамилии: Канидов, Канищев.

Третья версия, менее очевидная, — связь с тюркским словом «каны» (кровь) или «кан» (хан, властитель). Но для фамилии с суффиксом -ин это маловероятно: тюркские основы обычно дают фамилии на -ов (-ев), а не на -ин.

Таким образом, Канидина — фамилия с двойной этимологией: либо от редкого церковного имени, либо от северного прозвища. География подсказывает, что скорее второе.