Фамилия Канискина — женская форма, а её мужской вариант — Канискин. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность предку: «чей?» — Канискин, то есть потомок Каниски.

Ключ к происхождению — в основе «Каниск-». Она неочевидна и не встречается в бытовой лексике, поэтому стоит присмотреться к двум версиям. Первая и наиболее вероятная: основа восходит к прозвищу или имени Каниска. В русских говорах слово «каниска» могло означать что-то мелкое, незначительное, либо быть искажённой формой канонического имени Кандид (от лат. candidus — «белый, блестящий»). Вторая версия, более экзотичная, связывает фамилию с топонимом: существует село Каниски в Латвии, откуда предок мог получить прозвище по месту жительства. Однако для русской фамильной модели такая прямая географическая привязка встречается реже, чем прозвищная.

Фамилия Канискин — редкая. Встречается в основном в центральных регионах России и в Поволжье. По суффиксу -ин она относится к тому же словообразовательному типу, что и Пушкин, Ильин, но с более тёмной и неочевидной этимологией. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилии на -ин в этой среде закрепились позже, чем дворянские, и часто отражали прозвище, а не род занятий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Канискин, Канисков, Канис — показывает, что суффикс -ин здесь наиболее органичен для русского уха. Если бы основа была иноязычной (например, финно-угорской), чаще встречался бы суффикс -ов. Таким образом, Канискин — это, вероятно, «сын Каниски», где само прозвище Каниска либо уменьшительное от крестильного имени, либо местное диалектное слово, смысл которого со временем утрачен.