Фамилия Каниськина — женская форма, а мужская, Каниськин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Каниськин», то есть человек из рода или семьи Каниськи. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Каниська, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Кан (каноническая форма — Кан, Канон). В русской народной традиции имя Канон (от греч. «правило, норма») не было широко распространено, но давалось в честь святого Канона Исаврийского. Уменьшительная форма Каниська возникла через типичное для русских говоров добавление суффикса -иск- (сравните: Васька — Ваниська, Демка — Демиска). Таким образом, Каниськина — это потомки человека, которого в быту звали уменьшительно Каниська.

География фамилии довольно узкая. Наибольшая концентрация носителей (как Каниськины, так и Каниськина) фиксируется в северных и центральных регионах России: Архангельская область, Вологодчина, а также отдельные районы Кировской области. Это не случайно: в северных говорах (поморских, вологодских) суффикс -иск- в личных именах встречается чаще, чем в среднерусских. Там же активно бытовали имена-прозвища на -ка, которые позже становились фамилиями.

Любопытная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается вариант написания «Каниськина» через «о» — «Кониськина». Это не ошибка, а отражение аканья (произношения «а» как «о» в безударной позиции) в северных говорах. Однако в современных официальных документах закрепился вариант с «а» в первом слоге. Фамилия редкая: в списках частотных русских фамилий она не упоминается, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких крестьянских семей, которые жили в лесной зоне Русского Севера — занимались охотой, рыболовством или земледелием. Никакого отношения к польскому слову «каниська» (от «канитель») или к татарским корням фамилия не имеет — это чисто русская, диалектная форма от православного имени.