Фамилия Канискова — женская форма фамилии Канисков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Словообразовательная модель здесь проста и показательна: основа «Каниск-» плюс типичный русский фамильный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Канисков, то есть сын или потомок Каниска). Таким образом, в основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Каниско.

Самая вероятная версия связывает это имя со словом «каниска». В русских говорах, особенно северных и уральских, «каниской» называли небольшой кожаный кошель, кисет или мешочек для денег и табака. Такое прозвище мог получить человек бережливый, запасливый, либо, наоборот, тот, кто постоянно носил с собой такой мешочек (например, сборщик податей или торговец вразнос). Прозвища по предметам обихода — распространённый источник русских фамилий, и в этом случае фамилия Канисков оказывается в одном ряду с Кисетовым, Кошелевым или Мешковым.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими языками, где встречаются схожие звуковые комплексы. Однако для фамилии, имеющей типично восточнославянскую модель с суффиксом «-ов», исконно русское говоровое происхождение выглядит гораздо убедительнее. Географически фамилия Канисков встречается нечасто, но тяготеет к регионам Русского Севера и Вятки — как раз к тем местам, где диалектное слово «каниска» было в ходу.

Что касается сословной принадлежности, то фамилии на «-ов» в этой форме не дают точного ответа: они могли быть и у крестьян, и у мещан, и у духовенства. В данном случае прозвищная основа указывает скорее на крестьянскую или посадскую среду, где бытовые прозвища были особенно распространены. Женская форма Канискова закрепилась по той же модели, что и у подавляющего большинства русских фамилий: как указание на жену или дочь Канискова.