Фамилия Канискин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Канискин — «сын Каниски» или «человек Каниски». Основа, в свою очередь, происходит от прозвища или имени Каниска, которое является уменьшительной формой от крестильного имени Канидий или, что более вероятно, от канонического имени Кандид (от лат. candidus — «белый, блестящий, чистый»). В русской народной традиции такие имена часто «укорачивались» и обрастали суффиксами субъективной оценки.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще указывают на отчество от имени или прозвища отца, фамилии на -ин нередко закреплялись за людьми из более «низовых» слоёв — крестьянами, ремесленниками, служилыми людьми по прибору. Если Канискин — именно русская фамилия (а не, скажем, финно-угорская по происхождению, что тоже возможно при таком звучании), то её носители, скорее всего, были выходцами из северных или центральных губерний России, где суффикс -ин особенно продуктивен.

Спорный момент — корень. Встречается версия, что Каниска могло быть прозвищем от глагола «каниться» (медлить, тянуть) или от диалектного «канис» (пёс, собака). Но первая версия — от уменьшительной формы христианского имени — выглядит надёжнее, так как прозвища, образованные от «собачьих» корней, в русской традиции редки и обычно имеют резко отрицательный оттенок, что нехарактерно для массовых фамилий. В любом случае, фамилия Канискин — нечастая, и её носители могут проследить свою родословную до конкретного человека по прозвищу Каниска, жившего не позднее XVII века.