Фамилия Кафискин — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Она явно образована от названия города Кафа — так до конца XVIII века называлась нынешняя Феодосия в Крыму. В русских документах и бытовой речи прилагательное от этого топонима звучало как «кафинский» или «кафский». Суффикс -ин в фамилии работает по простой модели: «кто?» — кафинский, «чей?» — Кафискин, то есть «сын того, кто из Кафы». Переход «нс» в «ск» (Кафинскин → Кафискин) — типичное стяжение, которое встречается в фамилиях, когда язык упрощает неудобное сочетание согласных.

Вся фамилия — отчество второго порядка, указывающее на выходца из определённого места. Человек с прозвищем Кафинский (или Кафский) получал детей, которых в документах записывали как Кафискины. Это не дворянская фамилия, а скорее посадская или мещанская: в Кафе, особенно после её взятия русскими войсками в 1771 году и присоединения Крыма, селились купцы, ремесленники, отставные солдаты. Прозвище «кафинец» могло закрепиться за любым, кто торговал с этим городом или переехал оттуда.

Менее вероятна, но допустима версия от тюркского прозвища «кафис» (счётчик, оценщик, возможно, сборщик податей) — но она не объясняет суффикс -ск-, который в русских фамилиях почти всегда указывает на географию, а не на занятие. Если бы основа была прозвищной, мы бы ждали форму Кафисов или Кафисин.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных списках она встречается спорадически, в основном на юге России и в Поволжье — в регионах, куда тянулись торговые пути из Крыма. После революции носители рассеялись, но фамилия так и осталась малочисленной. Её главная ценность для исследователя — в прозрачной этимологии: она буквально хранит память о крымском городе, который триста лет был крупнейшим невольничьим рынком Восточной Европы, а потом стал обычным уездным центром.