Фамилия Кафискина — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. Основа фамилии — топоним Кафиск, Кафиска или Кафиски. Скорее всего, речь идет о выходце из населенного пункта с похожим названием, который мог находиться на территории бывшей Речи Посполитой или в западных губерниях Российской империи. Фамилии на -ский/-цкий традиционно указывали на дворянское или шляхетское происхождение, но к XIX веку эта модель распространилась и среди крестьян и мещан, особенно в Беларуси, на Украине и в Польше. Так что предок носителя фамилии мог быть как мелким шляхтичем, владевшим деревенькой Кафиски, так и крестьянином, переселившимся оттуда и получившим прозвище по месту выхода.

Суффикс -ин в окончании (Кафискин-а) типичен для русской модели образования фамилий от основ на -а, -я. Мужской вариант фамилии — Кафискин. Окончание женского рода -а указывает на то, что перед нами форма, закрепившаяся в документах именно в таком виде, что характерно для многих русских фамилий, особенно если родоначальником был человек, записанный как «Кафискин сын» или «Кафискина жена».

Сам топоним Кафиск может восходить к литовскому или балтскому корню, связанному с названием болота, топи (ср. лит. kopa — дюна, или же kaupti — копать, собирать). Но более вероятно, что это искаженное или адаптированное на славянской почве название от немецкого или еврейского географического названия — например, от местечка Копысь (в Беларуси) или от фамилии владельца-немца (Кауфман, Каффка). В любом случае, фамилия Кафискина — яркий маркер западного, пограничного происхождения, скорее всего из регионов современной Беларуси или Смоленщины.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она фиксируется эпизодически, в основном в центральной России и в Поволжье, что говорит о миграции носителей в XIX–XX веках. Это не фамилия известных династий, а частный случай, сохранивший память о небольшом, возможно, уже не существующем хуторе или усадьбе.