Фамилия Кафисовы восходит к мужскому личному имени Кафис. Скорее всего, это диалектный вариант арабского имени Хафиз (от арабского hafis — «воин, защитник, удерживающий»). Называя сына Кафисом, родители желали ему вырасти храбрым и сильным защитником. От этого имени по обычной для русских фамилий модели с суффиксом -ов и образовалась фамилия: Кафис → Кафисов → Кафисовы.

Исходное имя Хафиз в арабском мире имеет два основных значения: «хранитель» (в том числе хранитель Корана, знающий его наизусть) и «защитник». Форма Кафис могла возникнуть в тюркской языковой среде, где глухой «к» нередко заменяет звонкий «х» в начале слова, а оглушение конечного согласного — обычное явление. Поэтому носители фамилии Кафисовы, вероятно, имеют корни в среде поволжских или кавказских народов, испытавших влияние ислама и тюркских языков.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества: «чей?» — Кафисов, то есть сын или потомок Кафиса. Такие фамилии закрепились в XVI–XIX веках, когда представители нерусских народов, входивших в состав Российской империи, получали фамилии по отцу с русскими окончаниями. Встречается также вариант Кафизов — он ближе к исходному арабскому произношению.

Безусловно, фамилия Кафисовы — памятник восточной культуры, но её окончательное происхождение требует генеалогических разысканий: имя могло бытовать в разных местностях, и фамилия могла формироваться независимо в нескольких родах.