Фамилия Кафизкин — редкая и по звучанию необычная для русского уха, но её происхождение укладывается в хорошо известную модель. В основе лежит слово «кафизма» или «кафизка». В церковнославянской традиции кафизма — это раздел Псалтири, часть богослужебного чтения псалмов. Человек, который читал или пел кафизмы в церкви, мог получить прозвище Кафиза или Кафизка. От него с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин и образована фамилия: «чей?» — Кафизкин, то есть сын или потомок Кафизки.

Суффикс -ин в данном случае указывает на происхождение от прозвища на -а/-я. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях (сравните: Пушкин, Ильин, Голицын). Таким образом, предок носителя фамилии Кафизкин, скорее всего, был церковнослужителем низшего ранга — псаломщиком, чтецом или певчим, хорошо знавшим порядок богослужения. Фамилия могла закрепиться в среде духовенства, где такие прозвища, связанные с церковными реалиями, были особенно часты.

Встречается также вариант с корнем «кафиз» в значении «кожаный мешок» или «кошелёк» (от греческого «кафиза» — сумка). Но эта версия менее вероятна: в русской ономастике прозвища от названий мелкой утвари встречаются реже, чем от церковных терминов, а для фамилии Кафизкин церковная этимология выглядит убедительнее и органичнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где были сильны традиции церковного пения и чтения. Встречается она нечасто: по данным открытых источников, носителей Кафизкиных насчитывается от силы несколько сотен человек по всей стране. Это редкая фамилия, сохранившая в своей основе память о конкретном занятии предка — о его голосе, который звучал под сводами храма.