Фамилия Каночкина — женская форма от Каночкин, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища Каночка. Вопрос в том, какой смысл вкладывали в это прозвище. Самый надёжный след ведёт в южнорусские говоры. В рязанских, тульских и тамбовских краях «канка» — это индюшка. Выходит, Каночкой могли прозвать человека, который держал индюков, торговал ими или просто чем-то напоминал эту птицу — например, важной походкой или надутым видом. Такие «птичьи» прозвища в крестьянской среде были делом обычным: они цепко привязывались к хозяину и переходили детям.

Есть и вторая версия, менее конкретная, но тоже возможная. Она отталкивается от глагола «канючить» — выпрашивать, надоедать просьбами. Тогда Каночка — это капризный, настырный человек, который донимает окружающих. Слово это живёт в тех же южных областях, так что обе версии не противоречат друг другу географически. Но первая, с индюшкой, выглядит убедительнее: прозвища по профессии или внешности встречаются чаще, чем по характеру.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Каночки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская — такие редко попадали в документы раньше XVII века. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает диалектную основу.