Фамилия Канцлер — редкий случай в русском ономастиконе, когда прозвище образовано не от профессии или ремесла в привычном крестьянском смысле, а от высшего государственного титула. Слово «канцлер» пришло в русский язык из немецкого (Kanzler) через польское посредничество и означало главу королевской канцелярии, хранителя государственной печати и архива. В Российской империи чин канцлера был высшим гражданским званием, соответствовавшим генерал-фельдмаршалу в армии.

Прямое значение прозвища не стоит понимать буквально: вряд ли предок носителя фамилии действительно занимал этот пост. Скорее всего, прозвище дали за важный, представительный вид, за манеру держаться с достоинством, за грамотность или за службу в приказной (канцелярской) избе. В народе могли в шутку назвать «канцлером» человека, который любил распоряжаться или брал на себя роль главного в деревенских делах.

Фамилия Канцлер — безсуффиксная, то есть прозвище перешло в фамилию без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Это указывает на относительно позднее оформление фамилии, возможно, в среде городского населения или в дворянской среде, где было принято сохранять иноязычную основу без русификации. Сравните с однокоренными, но более адаптированными фамилиями: Канцеров, Канцеляристов, Канцелярский.

География фамилии тяготеет к западным и юго-западным губерниям Российской империи — территориям современной Украины, Беларуси и Польши, где влияние немецкой и польской административной терминологии было особенно сильным. Встречается фамилия и среди остзейского (прибалтийского) дворянства, где немецкий язык был языком делопроизводства.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Канцлер упоминается в ряду «искусственных» и «семейных прозваний», образованных от титулов и званий, что подчеркивает её нетипичность для основного массива русских фамилий. Версия, что фамилия могла быть дана при поступлении в духовное училище или семинарию, маловероятна — для семинаристов характерны фамилии на -ский (например, Канцлеровский), а не прямая форма титула.

Таким образом, носитель фамилии Канцлер, скорее всего, потомок человека, которого окружающие выделяли за «государственную» осанку, грамотность или склонность к порядку — качеств, которые в крестьянской среде ассоциировались с канцелярской службой и высоким положением.