Фамилия Канцыпер — редкий случай, когда основа слова не оставляет сомнений: перед нами прозвище, связанное с профессией или инструментом. В её основе лежит слово «канцыпер» — искажённое «концерт» или «концертмейстер»? Нет, всё проще и грубее. В диалектах и просторечии «канцыпер» означало крюк, багор, иногда — капкан или зажим. Скорее всего, так прозвали человека, который пользовался таким инструментом: рыбака, бортника, мастера по металлу или даже палача (в старину баграми растаскивали тела). Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию из немецкого Kanzler (канцлер) через польское посредство, но для этого пришлось бы объяснять, почему «л» перешло в «п» — а это уже натяжка.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ер (как бондарь, маляр) перешло в фамилию без суффикса. Это так называемые «чистые» фамилии, характерные для украинской и южнорусской традиции, где прозвище часто становилось родовым именем без добавления -ов/-ев. Географически Канцыперы встречаются в основном на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает западнорусское или польско-литовское происхождение слова.

Ударение в фамилии плавающее: одни носители произносят Канцы́пер, другие — Ка́нцыпер. Первый вариант ближе к исходному прозвищу, второй — к немецкому заимствованию. В любом случае, предок современного Канцыпера был не чиновником и не музыкантом, а человеком, чья работа требовала грубой силы и крюка.