Фамилия Канцыпко звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. В ней отчётливо видна украинская модель образования: суффикс -ко в этой среде превращает прозвище или имя в фамилию, указывая на потомка («чей?» — Канцыпов сын, Канцыпко). Сама основа Канцып- — искажённое или диалектное произношение.

Скорее всего, в основе лежит украинское слово «канціп» — так в некоторых западных и центральных регионах Украины называли кончик, острый край, шип или, в переносном смысле, упрямого, колючего человека. Прозвище Канцып могли дать человеку с острым языком, неуступчивым характером или, наоборот, тому, кто постоянно носил с собой какой-то острый предмет (шило, нож). Есть и другая, менее вероятная версия: связь с польским словом kancik (уголок, кант), но в украинской фонетике оно дало бы форму «Канцик», а не «Канцып».

Фамилия редкая и географически привязана. Основной ареал её бытования — Черкасская и Киевская области Украины, а также южные регионы России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Суффикс -ко типичен для фамилий простых казаков и крестьян Левобережной Украины (в отличие от дворянских фамилий на -ський). Поэтому носитель фамилии Канцыпко, скорее всего, потомок казацкого или крестьянского рода, получившего прозвище за характер или внешнюю особенность.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Канцыпко стоит в одном ряду с Канцыбером, Канцуровым и Канцедалом — все они образованы от украинских прозвищ с корнем «канц-», означающим нечто острое, колкое или скупое.