Фамилия Канубрикова — редкая и неочевидная. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), и женское окончание -а, в основе остаётся прозвище или имя Канубрик. Это слово не встречается в современных словарях, и его происхождение приходится реконструировать по косвенным данным.

Скорее всего, корень здесь — «канубр-». В южнорусских и украинских говорах «канупер», «канубер» или «канубр» — это народное название пижмы или полыни, то есть горькой, пахучей травы. Человек мог получить прозвище Канубрик по сходству с растением: за горький нрав, худобу или, наоборот, за то, что занимался сбором таких трав. Суффикс -ик в прозвище уменьшительный или указывает на носителя признака (сравните: «горький» — «горик»). Таким образом, Канубрик — это «тот, кто связан с канубром» или «горький, как канубр».

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых регионах «канубр» могло быть искажением от «конобрь» (конопля) или от тюркского «кану» (кровь) с добавлением славянского суффикса. Но она слабая, так как не объясняет устойчивого звучания.

Фамилия Канубрикова почти наверняка крестьянская. Суффикс -ов (а не -ский) указывает на происхождение из среды, где фамилии образовывали от уличных прозвищ, а не от географических названий. Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской областям и востоку Украины — именно там бытовало слово «канупер» в значении «трава». Носительница фамилии могла быть потомком травника, пасечника (пижму ставили в ульи) или просто человека с непростым, «горьким» характером.