Фамилия Каныкей — редкий случай в русском ономастиконе: она не славянского, а тюркского происхождения, и её разбор требует совсем другого подхода, чем привычные модели на -ов или -ин.

Основа фамилии — женское имя Каныкей, широко известное в кыргызском и казахском эпосе «Манас». Каныкей — жена главного героя Манаса, образец мудрости и верности. В переводе с тюркских языков имя распадается на две части: «кан» (кровь, а также хан, правитель) и «кей» (женщина, девушка). Буквально — «ханская дочь», «ханша». В эпосе Каныкей действительно происходит из знатного рода.

Фамилия образована по иной модели, чем русские фамилии. Здесь нет суффикса принадлежности — это чистая основа, которая в русском языке стала фамилией. Такой способ типичен для фамилий народов Средней Азии: имя или прозвище переходило в фамилию без изменений, особенно при паспортизации в советское время. Носители фамилии Каныкей — скорее всего, потомки кыргызов или казахов, чьи предки получили фамилию по женскому имени в роду.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Центральной Азии. В России она единична и, вероятно, принадлежит семьям, переехавшим из Кыргызстана или Казахстана. Сословного разбора для неё не существует — в дореволюционных списках русских фамилий её нет.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или внешности, Каныкей несёт прямую отсылку к эпическому герою. Это не бытовое имя, а имя из национального культурного кода, и его носители, скорее всего, осознают эту связь.