Фамилия Канзюба — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов или -ин, а окончание -а указывает скорее на украинскую или белорусскую почву. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -юб-, который в восточнославянских фамилиях часто передаёт принадлежность или уменьшительность (сравните: баба → Бабюк, Дзюба). Основа «Канз-» в таком случае — это прозвище.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с украинским диалектным словом «канзюба» — так в некоторых говорах называли человека с кривыми, узловатыми пальцами, неуклюжего или скрюченного. В этом случае прозвище давалось по внешней примете, что типично для народной ономастики. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «кан» (кровь, род) или с польским «kędzior» (кудрявый), но для этого нет фонетических подтверждений.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Львовской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах Канзюбы фиксировались как крестьяне и мещане, без дворянских корней. Модель образования фамилии (основа + -юба) напоминает такие фамилии, как Кандзюба, Кандыба, что подтверждает её украинскую природу.

Особенность фамилии в том, что она практически не меняла форму: ни в мужском, ни в женском роде она не склоняется по падежам в устной речи (хотя по правилам должна). Это делает её «живым» маркером говора — носители часто произносят «у Канзюбы» вместо литературного «у Канзюба». Так что предки, скорее всего, были людьми с заметной внешностью или профессией, не связанной с письменностью, — и фамилия закрепилась за ними именно в той форме, в какой её услышали писарь или священник.