Фамилия Капамукаева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному прочтению ни из славянских, ни из тюркских корней, хотя по форме она тяготеет к кавказским или тюркским моделям. Суффикс -ев указывает на русское оформление фамилии по патронимическому типу (чьих? — Капамукаев), а окончание -а — на женскую форму. Мужской вариант — Капамукаев.

Самая правдоподобная версия ведёт к сложному прозвищу-композиту. Первая часть «капа» может восходить к тюркскому «капа» (мешок, сосуд, крышка) или к глагольной основе со значением «капать, течь». Вторая часть «мука» — почти наверняка «мука» как продукт (в тюркских языках «ун», но в русских говорах и в гибридной речи — «мука»). Таким образом, прозвище Капамука могло означать «мешок муки» — человека плотного, невысокого, либо того, кто торговал мукой в мешках. В ономастике есть аналоги: фамилии Мешков, Муков, Капкин.

Менее вероятна, но возможна версия от кавказского имени или топонима. В некоторых языках Дагестана «капа» — уменьшительное от «капи» (ворота, вход), а «мука» — форма имени Мухаммад. Тогда Капамука — «ворота Мухаммада» или «вход к Мухаммаду», что могло быть прозвищем сторожа, привратника или человека, жившего у определённых ворот.

Фамилия практически не встречается в исторических документах и современных списках распространённых русских фамилий. Это говорит о её узколокальном происхождении — скорее всего, из среды терских казаков или народов Северного Кавказа, где смешивались русская, тюркская и горская лексика. Носительницы фамилии Капамукаева сегодня могут жить в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии или Дагестане.

Споров вокруг этимологии почти нет — слишком редкая фамилия. Но если выбирать, версия «мешок муки» надёжнее: она объясняет состав без привлечения личных имён и укладывается в типичную модель прозвищ по предмету быта или занятию.